- Complete revamp of methods in class matrix. Some redundant (and poor)
[ginac.git] / doc / reference / DoxyfileHTML
index 678525d..aa44d49 100644 (file)
@@ -1,4 +1,4 @@
-# Doxyfile 1.0.0
+# Doxyfile 1.2.0
 
 # This file describes the settings to be used by doxygen for a project
 #
 # General configuration options
 #---------------------------------------------------------------------------
 
-# The PROJECT_NAME tag is a single word (or a sequence of word surrounded
+# The PROJECT_NAME tag is a single word (or a sequence of words surrounded 
 # by quotes) that should identify the project. 
 
-PROJECT_NAME         = GiNaC
+PROJECT_NAME          = GiNaC
 
-# The PROJECT_NUMBER tag can be used to enter a project or revision number.
+# The PROJECT_NUMBER tag can be used to enter a project or revision number. 
 # This could be handy for archiving the generated documentation or 
 # if some version control system is used.
 
-PROJECT_NUMBER       =
+PROJECT_NUMBER        = 
 
 # The OUTPUT_DIRECTORY tag is used to specify the (relative or absolute) 
 # base path where the generated documentation will be put. 
 # If a relative path is entered, it will be relative to the location 
 # where doxygen was started. If left blank the current directory will be used.
 
-OUTPUT_DIRECTORY     = .
+OUTPUT_DIRECTORY      = .
 
-# The OUTPUT_LANGUAGE tag is used to specify the language in which all
-# documentation generated by doxygen is written. Doxygen will use this
-# information to generate all constant output in the proper language.
+# The OUTPUT_LANGUAGE tag is used to specify the language in which all 
+# documentation generated by doxygen is written. Doxygen will use this 
+# information to generate all constant output in the proper language. 
 # The default language is English, other supported languages are: 
-# Dutch, French, Italian, Czech, Swedish, German and Japanese
+# Dutch, French, Italian, Czech, Swedish, German, Finnish, Japanese, 
+# Spanish, Russian, Croatian and Polish.
 
-OUTPUT_LANGUAGE      = English
+OUTPUT_LANGUAGE       = English
 
-# The QUIET tag can be used to turn on/off the messages that are generated
-# by doxygen. Possible values are YES and NO. If left blank NO is used.
+# The DISABLE_INDEX tag can be used to turn on/off the condensed index at 
+# top of each HTML page. The value NO (the default) enables the index and 
+# the value YES disables it. 
 
-QUIET                = NO
+DISABLE_INDEX         = NO
 
-# The WARNINGS tag can be used to turn on/off the warning messages that are
-# generated by doxygen. Possible values are YES and NO. If left blank
-# NO is used.
+# If the EXTRACT_ALL tag is set to YES doxygen will assume all entities in 
+# documentation are documented, even if no documentation was available. 
+# Private class members and static file members will be hidden unless 
+# the EXTRACT_PRIVATE and EXTRACT_STATIC tags are set to YES 
 
-WARNINGS             = YES
+EXTRACT_ALL           = YES
 
-# The DISABLE_INDEX tag can be used to turn on/off the condensed index at
-# top of each HTML page. The value NO (the default) enables the index and
-# the value YES disables it.
+# If the EXTRACT_PRIVATE tag is set to YES all private members of a class 
+# will be included in the documentation. 
 
-DISABLE_INDEX        = NO
+EXTRACT_PRIVATE       = YES
 
-# If the EXTRACT_ALL tag is set to YES all classes and functions will be
-# included in the documentation, even if no documentation was available.
+# If the EXTRACT_STATIC tag is set to YES all static members of a file 
+# will be included in the documentation. 
 
-EXTRACT_ALL          = YES
+EXTRACT_STATIC        = YES
 
-# If the EXTRACT_PRIVATE tag is set to YES all private members of a class
-# will be included in the documentation.
+# If the HIDE_UNDOC_MEMBERS tag is set to YES, Doxygen will hide all 
+# undocumented members of documented classes, files or namespaces. 
+# If set to NO (the default) these members will be included in the 
+# various overviews, but no documentation section is generated. 
+# This option has no effect if EXTRACT_ALL is enabled. 
 
-EXTRACT_PRIVATE      = YES
+HIDE_UNDOC_MEMBERS    = NO
 
-# If the HIDE_UNDOC_MEMBERS tag is set to YES, Doxygen will hide all
-# undocumented members inside documented classes or files.
+# If the HIDE_UNDOC_CLASSES tag is set to YES, Doxygen will hide all 
+# undocumented classes that are normally visible in the class hierarchy. 
+# If set to NO (the default) these class will be included in the various 
+# overviews. This option has no effect if EXTRACT_ALL is enabled. 
 
-HIDE_UNDOC_MEMBERS   = NO
+HIDE_UNDOC_CLASSES    = NO
 
-# If the HIDE_UNDOC_CLASSESS tag is set to YES, Doxygen will hide all
-# undocumented classes.
-
-HIDE_UNDOC_CLASSES   = NO
-
-# If the BRIEF_MEMBER_DESC tag is set to YES (the default) Doxygen will
+# If the BRIEF_MEMBER_DESC tag is set to YES (the default) Doxygen will 
 # include brief member descriptions after the members that are listed in 
-# the file and class documentation (similar to JavaDoc).
-# Set to NO to disable this.
+# the file and class documentation (similar to JavaDoc). 
+# Set to NO to disable this. 
 
-BRIEF_MEMBER_DESC    = YES
+BRIEF_MEMBER_DESC     = YES
 
-# If the REPEAT_BRIEF tag is set to YES (the default) Doxygen will prepend
-# the brief description of a member or function before the detailed description.
+# If the REPEAT_BRIEF tag is set to YES (the default) Doxygen will prepend 
+# the brief description of a member or function before the detailed description. 
 # Note: if both HIDE_UNDOC_MEMBERS and BRIEF_MEMBER_DESC are set to NO, the 
-# brief descriptions will be completely suppressed.
+# brief descriptions will be completely suppressed. 
 
-REPEAT_BRIEF         = YES
+REPEAT_BRIEF          = YES
 
-# If the ALWAYS_DETAILS_SEC and REPEAT_BRIEF tags are both set to YES then
-# Doxygen will generate a detailed section even if there is only a brief
-# description.
+# If the ALWAYS_DETAILED_SEC and REPEAT_BRIEF tags are both set to YES then 
+# Doxygen will generate a detailed section even if there is only a brief 
+# description. 
 
-ALWAYS_DETAILED_SEC  = NO
+ALWAYS_DETAILED_SEC   = NO
 
-# If the FULL_PATH_NAMES tag is set to YES then Doxygen will prepend the full
-# path before files name in the file list and in the header files. If set
-# to NO the shortest path that makes the file name unique will be used.
+# If the FULL_PATH_NAMES tag is set to YES then Doxygen will prepend the full 
+# path before files name in the file list and in the header files. If set 
+# to NO the shortest path that makes the file name unique will be used. 
 
-FULL_PATH_NAMES      = NO
+FULL_PATH_NAMES       = NO
 
-# If the FULL_PATH_NAMES tag is set to YES then the STRIP_FROM_PATH tag
-# can be used to strip a user defined part of the path. Stripping is
-# only done if one of the specified strings matches the left-hand part of
-# the path.
+# If the FULL_PATH_NAMES tag is set to YES then the STRIP_FROM_PATH tag 
+# can be used to strip a user defined part of the path. Stripping is 
+# only done if one of the specified strings matches the left-hand part of 
+# the path. It is allowed to use relative paths in the argument list.
 
-STRIP_FROM_PATH      =
+STRIP_FROM_PATH       = 
 
-# The INTERNAL_DOCS tag determines if documentation
+# The INTERNAL_DOCS tag determines if documentation 
 # that is typed after a \internal command is included. If the tag is set 
-# to NO (the default) then the documentation will be excluded.
-# Set it to YES to include the internal documentation.
+# to NO (the default) then the documentation will be excluded. 
+# Set it to YES to include the internal documentation. 
+
+INTERNAL_DOCS         = NO
+
+# If the CLASS_DIAGRAMS tag is set to YES (the default) Doxygen will 
+# generate a class diagram (in Html and LaTeX) for classes with base or 
+# super classes. Setting the tag to NO turns the diagrams off. 
+
+CLASS_DIAGRAMS        = YES
+
+# If the SOURCE_BROWSER tag is set to YES then a list of source files will 
+# be generated. Documented entities will be cross-referenced with these sources. 
+
+SOURCE_BROWSER        = YES
+
+# Setting the INLINE_SOURCES tag to YES will include the body 
+# of functions and classes directly in the documentation. 
+
+INLINE_SOURCES        = NO
+
+# Setting the STRIP_CODE_COMMENTS tag to YES (the default) will instruct 
+# doxygen to hide any special comment blocks from generated source code 
+# fragments. Normal C and C++ comments will always remain visible. 
 
-INTERNAL_DOCS        = NO
+STRIP_CODE_COMMENTS   = YES
 
-# If the CLASS_DIAGRAMS tag is set to YES (the default) Doxygen will
-# generate a class diagram (in Html and LaTeX) for classes with base or
-# super classes. Setting the tag to NO turns the diagrams off.
+# If the CASE_SENSE_NAMES tag is set to NO (the default) then Doxygen 
+# will only generate file names in lower case letters. If set to 
+# YES upper case letters are also allowed. This is useful if you have 
+# classes or files whose names only differ in case and if your file system 
+# supports case sensitive file names. 
 
-CLASS_DIAGRAMS       = YES
+CASE_SENSE_NAMES      = YES
 
-# If the SOURCE_BROWSER tag is set to YES then a list of source files will
-# be generated. Documented entities will be cross-referenced with these sources.
+# If the HIDE_SCOPE_NAMES tag is set to NO (the default) then Doxygen 
+# will show members with their full class and namespace scopes in the 
+# documentation. If set to YES the scope will be hidden. 
 
-SOURCE_BROWSER       = YES
+HIDE_SCOPE_NAMES      = NO
 
-# Setting the INLINE_SOURCES tag to YES will include the body
-# of functions and classes directly in the documentation.
+# If the VERBATIM_HEADERS tag is set to YES (the default) then Doxygen 
+# will generate a verbatim copy of the header file for each class for 
+# which an include is specified. Set to NO to disable this. 
 
-INLINE_SOURCES       = NO
+VERBATIM_HEADERS      = NO
 
-# If the CASE_SENSE_NAMES tag is set to NO (the default) then Doxygen
-# will only generate file names in lower case letters. If set to
-# YES upper case letters are also allowed. This is useful if you have
-# classes or files whose names only differ in case and if your file system
-# supports case sensitive file names.
+# If the SHOW_INCLUDE_FILES tag is set to YES (the default) then Doxygen 
+# will put list of the files that are included by a file in the documentation 
+# of that file. 
 
-CASE_SENSE_NAMES     = YES
+SHOW_INCLUDE_FILES    = YES
 
-# If the VERBATIM_HEADERS tag is set to YES (the default) then Doxygen
-# will generate a verbatim copy of the header file for each class for
-# which an include is specified. Set to NO to disable this.
+# If the JAVADOC_AUTOBRIEF tag is set to YES (the default) then Doxygen 
+# will interpret the first line (until the first dot) of a JavaDoc-style 
+# comment as the brief description. If set to NO, the Javadoc-style will 
+# behave just like the Qt-style comments. 
 
-VERBATIM_HEADERS     = NO
+JAVADOC_AUTOBRIEF     = YES
 
-# If the JAVADOC_AUTOBRIEF tag is set to YES (the default) then Doxygen
-# will interpret the first line (until the first dot) of a JavaDoc-style
-# comment as the brief description. If set to NO, the Javadoc-style will
-# behave just like the Qt-style comments.
+# If the INHERIT_DOCS tag is set to YES (the default) then an undocumented 
+# member inherits the documentation from any documented member that it 
+# reimplements. 
 
-JAVADOC_AUTOBRIEF    = YES
+INHERIT_DOCS          = YES
 
-# if the INHERIT_DOCS tag is set to YES (the default) then an undocumented
-# member inherits the documentation from any documented member that it
-# reimplements.
+# If the INLINE_INFO tag is set to YES (the default) then a tag [inline] 
+# is inserted in the documentation for inline members. 
 
-INHERIT_DOCS         = YES
+INLINE_INFO           = YES
 
-# if the INLINE_INFO tag is set to YES (the default) then a tag [inline]
-# is inserted in the documentation for inline members.
+# If the SORT_MEMBER_DOCS tag is set to YES (the default) then doxygen 
+# will sort the (detailed) documentation of file and class members 
+# alphabetically by member name. If set to NO the members will appear in 
+# declaration order. 
 
-INLINE_INFO          = YES
+SORT_MEMBER_DOCS      = NO
 
-# the TAB_SIZE tag can be used to set the number of spaces in a tab.
-# Doxygen uses this value to replace tabs by spaces in code fragments.
+# The TAB_SIZE tag can be used to set the number of spaces in a tab. 
+# Doxygen uses this value to replace tabs by spaces in code fragments. 
 
-TAB_SIZE             = 4
+TAB_SIZE              = 4
+
+# The ENABLE_SECTIONS tag can be used to enable conditional 
+# documentation sections, marked by \if sectionname ... \endif. 
+
+ENABLED_SECTIONS      = 
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options related to warning and progress messages
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# The QUIET tag can be used to turn on/off the messages that are generated 
+# by doxygen. Possible values are YES and NO. If left blank NO is used. 
+
+QUIET                 = NO
+
+# The WARNINGS tag can be used to turn on/off the warning messages that are 
+# generated by doxygen. Possible values are YES and NO. If left blank 
+# NO is used. 
+
+WARNINGS              = YES
+
+# If WARN_IF_UNDOCUMENTED is set to YES, then doxygen will generate warnings 
+# for undocumented members. If EXTRACT_ALL is set to YES then this flag will 
+# automatically be disabled. 
+
+WARN_IF_UNDOCUMENTED  = YES
+
+# The WARN_FORMAT tag determines the format of the warning messages that 
+# doxygen can produce. The string should contain the $file, $line, and $text 
+# tags, which will be replaced by the file and line number from which the 
+# warning originated and the warning text. 
+
+WARN_FORMAT           = "$file:$line: $text"
 
 #---------------------------------------------------------------------------
 # configuration options related to the input files
@@ -174,293 +234,428 @@ TAB_SIZE             = 4
 # The INPUT tag can be used to specify the files and/or directories that contain 
 # documented source files. You may enter file names like "myfile.cpp" or 
 # directories like "/usr/src/myproject". Separate the files or directories 
-# with spaces.
+# with spaces. 
 
-INPUT                = ../../ginac
+INPUT                 = ../../ginac
 
 # If the value of the INPUT tag contains directories, you can use the 
 # FILE_PATTERNS tag to specify one or more wildcard pattern (like *.cpp 
 # and *.h) to filter out the source-files in the directories. If left 
-# blank all files are included.
+# blank all files are included. 
 
-FILE_PATTERNS        = *.cpp *.h
+FILE_PATTERNS         = *.cpp *.h
 
-# The RECURSIVE tag can be used to turn specify whether or not subdirectories
-# should be searched for input files as well. Possible values are YES and NO.
-# If left blank NO is used.
+# The RECURSIVE tag can be used to turn specify whether or not subdirectories 
+# should be searched for input files as well. Possible values are YES and NO. 
+# If left blank NO is used. 
 
-RECURSIVE            = NO
+RECURSIVE             = NO
 
-# The EXCLUDE tag can be used to specify files and/or directories that should
+# The EXCLUDE tag can be used to specify files and/or directories that should 
 # excluded from the INPUT source files. This way you can easily exclude a 
-# subdirectory from a directory tree whose root is specified with the INPUT tag.
+# subdirectory from a directory tree whose root is specified with the INPUT tag. 
 
-EXCLUDE              =
+EXCLUDE               = 
 
-# If the value of the INPUT tag contains directories, you can use the
-# EXCLUDE_PATTERNS tag to specify one or more wildcard patterns to exclude
-# certain files from those directories.
+# If the value of the INPUT tag contains directories, you can use the 
+# EXCLUDE_PATTERNS tag to specify one or more wildcard patterns to exclude 
+# certain files from those directories. 
 
-EXCLUDE_PATTERNS     =
+EXCLUDE_PATTERNS      = 
 
 # The EXAMPLE_PATH tag can be used to specify one or more files or 
 # directories that contain example code fragments that are included (see 
-# the \include command).
+# the \include command). 
 
-EXAMPLE_PATH         =
+EXAMPLE_PATH          = 
 
-# If the value of the EXAMPLE_PATH tag contains directories, you can use the
+# If the value of the EXAMPLE_PATH tag contains directories, you can use the 
 # EXAMPLE_PATTERNS tag to specify one or more wildcard pattern (like *.cpp 
 # and *.h) to filter out the source-files in the directories. If left 
-# blank all files are included.
+# blank all files are included. 
 
-EXAMPLE_PATTERNS     =
+EXAMPLE_PATTERNS      = 
 
 # The IMAGE_PATH tag can be used to specify one or more files or 
 # directories that contain image that are included in the documentation (see 
-# the \image command).
+# the \image command). 
 
-IMAGE_PATH           =
+IMAGE_PATH            = 
 
-# The INPUT_FILTER tag can be used to specify a program that doxygen should
+# The INPUT_FILTER tag can be used to specify a program that doxygen should 
 # invoke to filter for each input file. Doxygen will invoke the filter program 
-# by executing (via popen()) the command <filter> <input-file>, where <filter>
-# is the value of the INPUT_FILTER tag, and <input-file> is the name of an
-# input file. Doxygen will then use the output that the filter program writes
-# to standard output.
+# by executing (via popen()) the command <filter> <input-file>, where <filter> 
+# is the value of the INPUT_FILTER tag, and <input-file> is the name of an 
+# input file. Doxygen will then use the output that the filter program writes 
+# to standard output. 
 
-INPUT_FILTER         =
+INPUT_FILTER          = 
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options related to the alphabetical class index
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the ALPHABETICAL_INDEX tag is set to YES, an alphabetical index 
+# of all compounds will be generated. Enable this if the project 
+# contains a lot of classes, structs, unions or interfaces. 
+
+ALPHABETICAL_INDEX    = YES
+
+# If the alphabetical index is enabled (see ALPHABETICAL_INDEX) then 
+# the COLS_IN_ALPHA_INDEX tag can be used to specify the number of columns 
+# in which this list will be split (can be a number in the range [1..20]) 
+
+COLS_IN_ALPHA_INDEX   = 5
+
+# In case all classes in a project start with a common prefix, all 
+# classes will be put under the same header in the alphabetical index. 
+# The IGNORE_PREFIX tag can be used to specify one or more prefixes that 
+# should be ignored while generating the index headers. 
+
+IGNORE_PREFIX         = 
 
 #---------------------------------------------------------------------------
 # configuration options related to the HTML output
 #---------------------------------------------------------------------------
 
-# If the GENERATE_HTML tag is set to YES (the default) Doxygen will
-# generate HTML output
+# If the GENERATE_HTML tag is set to YES (the default) Doxygen will 
+# generate HTML output
 
-GENERATE_HTML        = YES
+GENERATE_HTML         = YES
 
-# The HTML_OUTPUT tag is used to specify where the HTML docs will be put.
-# If a relative path is entered the value of OUTPUT_DIRECTORY will be
-# put in front of it. If left blank `html' will be used as the default path.
+# The HTML_OUTPUT tag is used to specify where the HTML docs will be put. 
+# If a relative path is entered the value of OUTPUT_DIRECTORY will be 
+# put in front of it. If left blank `html' will be used as the default path. 
 
-HTML_OUTPUT          = .
+HTML_OUTPUT           = .
 
 # The HTML_HEADER tag can be used to specify a personal HTML header for 
 # each generated HTML page. If it is left blank doxygen will generate a 
 # standard header.
 
-HTML_HEADER          =
+HTML_HEADER           = 
 
 # The HTML_FOOTER tag can be used to specify a personal HTML footer for 
 # each generated HTML page. If it is left blank doxygen will generate a 
 # standard footer.
 
-HTML_FOOTER          = Doxyfooter
+HTML_FOOTER           = Doxyfooter
 
-# The HTML_STYLESHEET tag can be used to specify a user defined cascading
+# The HTML_STYLESHEET tag can be used to specify a user defined cascading 
 # style sheet that is used by each HTML page. It can be used to 
-# fine-tune the look of the HTML output. If the tag is left blank doxygen
-# will generate a default style sheet
-
-HTML_STYLESHEET      =
-
-# If the HTML_ALIGN_MEMBERS tag is set to YES, the members of classes,
-# files or namespaces will be aligned in HTML using tables. If set to
-# NO a bullet list will be used.
+# fine-tune the look of the HTML output. If the tag is left blank doxygen 
+# will generate a default style sheet 
 
-HTML_ALIGN_MEMBERS   = YES
+HTML_STYLESHEET       = 
 
-# If the GENERATE_HTMLHELP tag is set to YES, additional index files
-# will be generated that can be used as input for tools like the
-# Microsoft HTML help workshop to generate a compressed HTML help file (.chm)
-# of the generated HTML documentation.
+# If the HTML_ALIGN_MEMBERS tag is set to YES, the members of classes, 
+# files or namespaces will be aligned in HTML using tables. If set to 
+# NO a bullet list will be used. 
 
-GENERATE_HTMLHELP    = NO
+HTML_ALIGN_MEMBERS    = YES
 
-# If the ALPHABETICAL_INDEX tag is set to YES, an alphabetical index
-# of all compounds will be generated. Enable this if the project
-# contains a lot of classes, structs, unions or interfaces.
+# If the GENERATE_HTMLHELP tag is set to YES, additional index files 
+# will be generated that can be used as input for tools like the 
+# Microsoft HTML help workshop to generate a compressed HTML help file (.chm) 
+# of the generated HTML documentation. 
 
-ALPHABETICAL_INDEX   = YES
-
-# If the alphabetical index is enabled (see ALPHABETICAL_INDEX) then
-# the COLS_IN_ALPHA_INDEX tag can be used to specify the number of columns
-# in which this list will be split (can be a number in the range [1..20])
-
-COLS_IN_ALPHA_INDEX  = 5
+GENERATE_HTMLHELP     = NO
 
 #---------------------------------------------------------------------------
 # configuration options related to the LaTeX output
 #---------------------------------------------------------------------------
 
-# If the GENERATE_LATEX tag is set to YES (the default) Doxygen will
-# generate Latex output.
+# If the GENERATE_LATEX tag is set to YES (the default) Doxygen will 
+# generate Latex output. 
 
-GENERATE_LATEX       = NO
+GENERATE_LATEX        = NO
 
-# The LATEX_OUTPUT tag is used to specify where the LaTeX docs will be put.
-# If a relative path is entered the value of OUTPUT_DIRECTORY will be
-# put in front of it. If left blank `latex' will be used as the default path.
+# The LATEX_OUTPUT tag is used to specify where the LaTeX docs will be put. 
+# If a relative path is entered the value of OUTPUT_DIRECTORY will be 
+# put in front of it. If left blank `latex' will be used as the default path. 
 
-LATEX_OUTPUT         = latex
+LATEX_OUTPUT          = latex
 
-# If the COMPACT_LATEX tag is set to YES Doxygen generates more compact
-# LaTeX documents. This may be useful for small projects and may help to
-# save some trees in general.
+# If the COMPACT_LATEX tag is set to YES Doxygen generates more compact 
+# LaTeX documents. This may be useful for small projects and may help to 
+# save some trees in general. 
 
-COMPACT_LATEX        = NO
+COMPACT_LATEX         = NO
 
-# The PAPER_TYPE tag can be used to set the paper type that is used
+# The PAPER_TYPE tag can be used to set the paper type that is used 
 # by the printer. Possible values are: a4, a4wide, letter, legal and 
-# executive. If left blank a4wide will be used.
+# executive. If left blank a4wide will be used. 
 
-PAPER_TYPE           = a4wide
+PAPER_TYPE            = a4wide
 
-# The EXTRA_PACKAGES tag can be to specify one or more names of LaTeX
-# packages that should be included in the LaTeX output.
+# The EXTRA_PACKAGES tag can be to specify one or more names of LaTeX 
+# packages that should be included in the LaTeX output. 
 
-EXTRA_PACKAGES       =
+EXTRA_PACKAGES        = 
 
 # The LATEX_HEADER tag can be used to specify a personal LaTeX header for 
-# the generated latex document. The header should contain everything until
+# the generated latex document. The header should contain everything until 
 # the first chapter. If it is left blank doxygen will generate a 
-# standard header. Notice: only use this tag if you know what you are doing!
+# standard header. Notice: only use this tag if you know what you are doing! 
+
+LATEX_HEADER          = 
+
+# If the PDF_HYPERLINKS tag is set to YES, the LaTeX that is generated 
+# is prepared for conversion to pdf (using ps2pdf). The pdf file will 
+# contain links (just like the HTML output) instead of page references 
+# This makes the output suitable for online browsing using a pdf viewer. 
 
-LATEX_HEADER         =
+PDF_HYPERLINKS        = NO
 
-# If the PDF_HYPERLINKS tag is set to YES, the LaTeX that is generated
-# is prepared for conversion to pdf (using ps2pdf). The pdf file will
-# contain links (just like the HTML output) instead of page references
-# This makes the output suitable for online browsing using a pdf viewer.
+# If the LATEX_BATCHMODE tag is set to YES, doxygen will add the \\batchmode. 
+# command to the generated LaTeX files. This will instruct LaTeX to keep 
+# running if errors occur, instead of asking the user for help. 
+# This option is also used when generating formulas in HTML. 
 
-PDF_HYPERLINKS       = NO
+LATEX_BATCHMODE       = NO
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# configuration options related to the RTF output
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If the GENERATE_RTF tag is set to YES Doxygen will generate RTF output 
+# For now this is experimental and is disabled by default. The RTF output 
+# is optimised for Word 97 and may not look too pretty with other readers 
+# or editors.
+
+GENERATE_RTF          = NO
+
+# The RTF_OUTPUT tag is used to specify where the RTF docs will be put. 
+# If a relative path is entered the value of OUTPUT_DIRECTORY will be 
+# put in front of it. If left blank `rtf' will be used as the default path. 
+
+RTF_OUTPUT            = rtf
+
+# If the COMPACT_RTF tag is set to YES Doxygen generates more compact 
+# RTF documents. This may be useful for small projects and may help to 
+# save some trees in general. 
+
+COMPACT_RTF           = NO
+
+# If the RTF_HYPERLINKS tag is set to YES, the RTF that is generated 
+# will contain hyperlink fields. The RTF file will 
+# contain links (just like the HTML output) instead of page references. 
+# This makes the output suitable for online browsing using a WORD or other. 
+# programs which support those fields. 
+# Note: wordpad (write) and others do not support links. 
+
+RTF_HYPERLINKS        = NO
+
+# Load stylesheet definitions from file. Syntax is similar to doxygen's 
+# config file, i.e. a series of assigments. You only have to provide 
+# replacements, missing definitions are set to their default value. 
+
+RTF_STYLESHEET_FILE   = 
 
 #---------------------------------------------------------------------------
 # configuration options related to the man page output
 #---------------------------------------------------------------------------
 
-# If the GENERATE_MAN tag is set to YES (the default) Doxygen will
-# generate man pages
+# If the GENERATE_MAN tag is set to YES (the default) Doxygen will 
+# generate man pages 
 
-GENERATE_MAN         = NO
+GENERATE_MAN          = NO
 
-# The MAN_OUTPUT tag is used to specify where the man pages will be put.
-# If a relative path is entered the value of OUTPUT_DIRECTORY will be
-# put in front of it. If left blank `man' will be used as the default path.
+# The MAN_OUTPUT tag is used to specify where the man pages will be put. 
+# If a relative path is entered the value of OUTPUT_DIRECTORY will be 
+# put in front of it. If left blank `man' will be used as the default path. 
 
-MAN_OUTPUT           =
+MAN_OUTPUT            = man
 
-# The MAN_EXTENSION tag determines the extension that is added to
-# the generated man pages (default is the subroutine's section .3)
+# The MAN_EXTENSION tag determines the extension that is added to 
+# the generated man pages (default is the subroutine's section .3) 
 
-MAN_EXTENSION        = .3
+MAN_EXTENSION         = .3
 
 #---------------------------------------------------------------------------
-# Configuration options related to the preprocessor 
+# Configuration options related to the preprocessor   
 #---------------------------------------------------------------------------
 
-# If the ENABLE_PREPROCESSING tag is set to YES (the default) Doxygen will
-# evaluate all C-preprocessor directives found in the sources and include
-# files.
+# If the ENABLE_PREPROCESSING tag is set to YES (the default) Doxygen will 
+# evaluate all C-preprocessor directives found in the sources and include 
+# files. 
 
-ENABLE_PREPROCESSING = YES
+ENABLE_PREPROCESSING  = YES
 
-# If the MACRO_EXPANSION tag is set to YES Doxygen will expand all macro
+# If the MACRO_EXPANSION tag is set to YES Doxygen will expand all macro 
 # names in the source code. If set to NO (the default) only conditional 
-# compilation will be performed.
+# compilation will be performed. Macro expansion can be done in a controlled 
+# way by setting EXPAND_ONLY_PREDEF to YES. 
+
+MACRO_EXPANSION       = NO
+
+# If the EXPAND_ONLY_PREDEF and MACRO_EXPANSION tags are both set to YES 
+# then the macro expansion is limited to the macros specified with the 
+# PREDEFINED and EXPAND_AS_PREDEFINED tags. 
 
-MACRO_EXPANSION      = NO
+EXPAND_ONLY_PREDEF    = NO
 
-# If the SEARCH_INCLUDES tag is set to YES (the default) the includes files
-# in the INCLUDE_PATH (see below) will be search if a #include is found.
+# If the SEARCH_INCLUDES tag is set to YES (the default) the includes files 
+# in the INCLUDE_PATH (see below) will be search if a #include is found. 
 
-SEARCH_INCLUDES      = YES
+SEARCH_INCLUDES       = YES
 
-# The INCLUDE_PATH tag can be used to specify one or more directories that
-# contain include files that are not input files but should be processed by
-# the preprocessor.
+# The INCLUDE_PATH tag can be used to specify one or more directories that 
+# contain include files that are not input files but should be processed by 
+# the preprocessor. 
 
-INCLUDE_PATH         =
+INCLUDE_PATH          = 
 
-# The PREDEFINED tag can be used to specify one or more macro names that
-# are defined before the preprocessor is started (similar to the -D option of
-# gcc). The argument of the tag is a list of macros of the form: name
+# You can use the INCLUDE_FILE_PATTERNS tag to specify one or more wildcard 
+# patterns (like *.h and *.hpp) to filter out the header-files in the 
+# directories. If left blank, the patterns specified with FILE_PATTERNS will 
+# be used. 
+
+INCLUDE_FILE_PATTERNS = *.h
+
+# The PREDEFINED tag can be used to specify one or more macro names that 
+# are defined before the preprocessor is started (similar to the -D option of 
+# gcc). The argument of the tag is a list of macros of the form: name 
 # or name=definition (no spaces). If the definition and the = are 
-# omitted =1 is assumed.
+# omitted =1 is assumed. 
 
-PREDEFINED           = NO_NAMESPACE_GINAC
+PREDEFINED            = NO_NAMESPACE_GINAC
 
-# If the EXPAND_ONLY_PREDEF and MACRO_EXPANSION tags are both set to YES
-# then the macro expansion is limited to the macros specified with the
-# PREDEFINED tag.
+# If the MACRO_EXPANSION and EXPAND_PREDEF_ONLY tags are set to YES then 
+# this tag can be used to specify a list of macro names that should be expanded. 
+# The macro definition that is found in the sources will be used. 
+# Use the PREDEFINED tag if you want to use a different macro definition. 
 
-EXPAND_ONLY_PREDEF   = NO
+EXPAND_AS_DEFINED     = 
 
 #---------------------------------------------------------------------------
-# Configuration options related to external references 
+# Configuration::addtions related to external references   
 #---------------------------------------------------------------------------
 
 # The TAGFILES tag can be used to specify one or more tagfiles. 
 
-TAGFILES             =
+TAGFILES              = 
+
+# When a file name is specified after GENERATE_TAGFILE, doxygen will create 
+# a tag file that is based on the input files it reads. 
+
+GENERATE_TAGFILE      = 
+
+# If the ALLEXTERNALS tag is set to YES all external classes will be listed 
+# in the class index. If set to NO only the inherited external classes 
+# will be listed. 
+
+ALLEXTERNALS          = NO
+
+# The PERL_PATH should be the absolute path and name of the perl script 
+# interpreter (i.e. the result of `which perl'). 
+
+PERL_PATH             = /usr/bin/perl
+
+#---------------------------------------------------------------------------
+# Configuration options related to the dot tool   
+#---------------------------------------------------------------------------
+
+# If you set the HAVE_DOT tag to YES then doxygen will assume the dot tool is 
+# available from the path. This tool is part of Graphviz, a graph visualization 
+# toolkit from AT&T and Lucent Bell Labs. The other options in this section 
+# have no effect if this option is set to NO (the default) 
+
+HAVE_DOT              = YES
+
+# If the CLASS_GRAPH and HAVE_DOT tags are set to YES then doxygen 
+# will generate a graph for each documented class showing the direct and 
+# indirect inheritance relations. Setting this tag to YES will force the 
+# the CLASS_DIAGRAMS tag to NO.
+
+CLASS_GRAPH           = YES
+
+# If the COLLABORATION_GRAPH and HAVE_DOT tags are set to YES then doxygen 
+# will generate a graph for each documented class showing the direct and 
+# indirect implementation dependencies (inheritance, containment, and 
+# class references variables) of the class with other documented classes. 
+
+COLLABORATION_GRAPH   = YES
+
+# If the ENABLE_PREPROCESSING, INCLUDE_GRAPH, and HAVE_DOT tags are set to 
+# YES then doxygen will generate a graph for each documented file showing 
+# the direct and indirect include dependencies of the file with other 
+# documented files. 
+
+INCLUDE_GRAPH         = YES
+
+# If the ENABLE_PREPROCESSING, INCLUDED_BY_GRAPH, and HAVE_DOT tags are set to 
+# YES then doxygen will generate a graph for each documented header file showing 
+# the documented files that directly or indirectly include this file 
+
+INCLUDED_BY_GRAPH     = YES
+
+# If the GRAPHICAL_HIERARCHY and HAVE_DOT tags are set to YES then doxygen 
+# will graphical hierarchy of all classes instead of a textual one. 
+
+GRAPHICAL_HIERARCHY   = YES
 
-# When a file name is specified after GENERATE_TAGFILE, doxygen will create
-# a tag file that is based on the input files it reads.
+# The tag DOT_PATH can be used to specify the path where the dot tool can be 
+# found. If left blank, it is assumed the dot tool can be found on the path. 
 
-GENERATE_TAGFILE     =
+DOT_PATH              = 
 
-# If the ALLEXTERNALS tag is set to YES all external classes will be listed
-# in the class index. If set to NO only the inherited external classes
-# will be listed.
+# The MAX_DOT_GRAPH_WIDTH tag can be used to set the maximum allowed width 
+# (in pixels) of the graphs generated by dot. If a graph becomes larger than 
+# this value, doxygen will try to truncate the graph, so that it fits within 
+# the specified constraint. Beware that most browsers cannot cope with very 
+# large images. 
 
-ALLEXTERNALS         = NO
+MAX_DOT_GRAPH_WIDTH   = 1024
 
-# The PERL_PATH should be the absolute path and name of the perl script
-# interpreter (i.e. the result of `which perl').
+# The MAX_DOT_GRAPH_HEIGHT tag can be used to set the maximum allows height 
+# (in pixels) of the graphs generated by dot. If a graph becomes larger than 
+# this value, doxygen will try to truncate the graph, so that it fits within 
+# the specified constraint. Beware that most browsers cannot cope with very 
+# large images. 
 
-PERL_PATH            = /usr/bin/perl
+MAX_DOT_GRAPH_HEIGHT  = 1024
 
 #---------------------------------------------------------------------------
-# Configuration options related to the search engine 
+# Configuration::addtions related to the search engine   
 #---------------------------------------------------------------------------
 
 # The SEARCHENGINE tag specifies whether or not a search engine should be 
-# used. If set to NO the values of all tags below this one will be ignored.
+# used. If set to NO the values of all tags below this one will be ignored. 
 
-SEARCHENGINE         = NO
+SEARCHENGINE          = NO
 
-# The CGI_NAME tag should be the name of the CGI script that
-# starts the search engine (doxysearch) with the correct parameters.
-# A script with this name will be generated by doxygen.
+# The CGI_NAME tag should be the name of the CGI script that 
+# starts the search engine (doxysearch) with the correct parameters. 
+# A script with this name will be generated by doxygen. 
 
-CGI_NAME             = search.cgi
+CGI_NAME              = search.cgi
 
-# The CGI_URL tag should be the absolute URL to the directory where the
+# The CGI_URL tag should be the absolute URL to the directory where the 
 # cgi binaries are located. See the documentation of your http daemon for 
-# details.
+# details. 
 
-CGI_URL              =
+CGI_URL               = 
 
-# The DOC_URL tag should be the absolute URL to the directory where the
+# The DOC_URL tag should be the absolute URL to the directory where the 
 # documentation is located. If left blank the absolute path to the 
-# documentation, with file:// prepended to it, will be used.
+# documentation, with file:// prepended to it, will be used. 
 
-DOC_URL              =
+DOC_URL               = 
 
-# The DOC_ABSPATH tag should be the absolute path to the directory where the
-# documentation is located. If left blank the directory on the local machine
-# will be used.
+# The DOC_ABSPATH tag should be the absolute path to the directory where the 
+# documentation is located. If left blank the directory on the local machine 
+# will be used. 
 
-DOC_ABSPATH          =
+DOC_ABSPATH           = 
 
-# The BIN_ABSPATH tag must point to the directory where the doxysearch binary
-# is installed.
+# The BIN_ABSPATH tag must point to the directory where the doxysearch binary 
+# is installed. 
 
-BIN_ABSPATH          = /usr/local/bin/
+BIN_ABSPATH           = /usr/local/bin/
 
 # The EXT_DOC_PATHS tag can be used to specify one or more paths to 
-# documentation generated for other projects. This allows doxysearch to search
-# the documentation for these projects as well.
+# documentation generated for other projects. This allows doxysearch to search 
+# the documentation for these projects as well. 
 
-EXT_DOC_PATHS        =
+EXT_DOC_PATHS         =